В остром периоде гепатита С возможно развитие «печёночной комы» — резкого выраженного угнетения функции печени вследствие массивной гибели печёночных клеток и накопления в организме токсичных продуктов обмена различных веществ. Это состояние характеризуется заторможенностью, потерей сознания, нарушением витальных (жизненно важных) функций. Однако встречаемость данного осложнения крайне низкая.
В хронической фазе болезни (или, по мнению части исследователей, конечной фазе заболевания) наиболее частым осложнением является развитие цирроза печени — замещения функционального долькового строения печёночной ткани грубым соединительнотканным образованием, что приводит к неадекватному функционированию органа. Определённое время печень способна выполнять функцию даже на стадии цирроза, но со временем при воздействии вируса наступает декомпенсация работы. Это состояние характеризуется нарушением кровотока в печени, повышением давления в системе воротной вены, расширением вен пищевода и желудка, увеличением селезёночной вены. Прогрессивно снижается уровень выработки белков, факторов свёртывания крови, фильтрационная способность. Появляются отёки, асцит (скопление жидкости в брюшной полости), кровотечения различной интенсивности, ухудшается общее состояние, интеллектуально-мнестические характеристики. В конечном итоге возможен летальный исход из-за массивного кровотечения и полиорганной недостаточности.
Не менее значимое осложнение хронической фазы гепатита С — развитие гепатоцеллюлярной карциномы (опухолевое перерождение). Согласно основной гипотезе, злокачественное перерождение возникает в результате повышенного распада клеток печени и последующего их восстановления, что приводит к повышенному числу мутаций. На ранних стадиях принципиальных отличий от течения хронического гепатита нет, в запущенных случаях возникает стремительное ухудшение состояния, нарастание асцита, желтухи, неспецифических желудочно-кишечных симптомов, потери веса, анорексии.
У 10-15 % больных с хроническим вирусным гепатитом С возможно развитие аутоиммунных заболеваний, наиболее частыми из которых являются аутоиммунный гепатит (АИГ) и криоглобулинемия. АИГ — это иммуноопосредованное поражение печени. Внешне оно мало отличается от проявлений гепатитов другой этиологии, но зачастую имеет более агрессивное течение и поддаётся терапии только длительными курсами иммуносупрессивных препаратов. Криоглобулинемия — накопление в малых и средних кровеносных сосудах специфических белков, которые вызывают затруднение в них тока крови и приводят к специфическим проявлениям.
Также определена связь гепатита С с развитием сахарного диабета, неходжкинской лимфомы и кожной порфирии Тарда