Проникая в организм, вирус гепатита С не оставляет никаких следов в месте внедрения. С током крови он быстро попадает в клетки печени, где оказывает неярко выраженное прямое разрушающее действие на клетки-мишени и в большей степени вызывает иммуноопосредованное поражение клеток на фоне репликации вируса. При использовании одного из исследований — ультрачувствительного ПЦР (полимеразной цепной реакции) — РНК вируса в крови может обнаруживаться уже через 2 недели от момента заражения. Значений, которые выявляются всеми тест-системами, как правило, вирусная нагрузка достигает через 1,5 месяца после заражения.
Нарушается баланс продукции цитокинов (белков, которые оказывают комплексное регулирующее влияние на воспаление и иммунитет):
усиливается выработка сигнальных веществ, которые вырабатываются клетками иммунной системы и служат для регуляции активности других клеток;
снижается образование белков с противовирусной и иммуномодулирующей активностью);
подавляется активация СD4+ лимфоцитов (клеток, которые отражают работу иммунной системы).
Возможность нахождения и размножения вируса в клетках иммунной и нервной систем делает его недоступным для иммунного контроля. Главенствующая частота перехода вирусного гепатита С в хроническую форму (около 70 %) обусловлена не только различными особенностями самого вируса, но и обязательным участием (или вернее неадекватным участием) иммунной системы:
наличием внепечёночного размножения вируса (главным образом в моноцитарной системе);
наличием множества генотипов с подтипами и частыми мутациями (перестановками составляющих генома вируса);
запуском иммунопатологических реакций, которые участвуют и во внепечёночных поражениях при гепатите С, в том числе в клетках эндотелия сосудов головного мозга;
низкой иммуногенностью вируса;
участием в патогенезе процессов перекисного окисления липидов.
После заражения и малосимптомного протекания острой фазы заболевания при отсутствии самоизлечения (около 30 %) наступает хронизация инфекции — длительный латентный период (до 10-30 лет, иногда более длительно). В течение этого периода человек ведёт обычный образ жизни, не испытывает никаких явных признаков заболевания, а появляющееся чувство усталости вполне логично списывает на интенсивный современный ритм жизни.