Главным звеном патогенеза СПИДа является сокращение популяции Т-лимфоцитов. Этот процесс занимает длительное время, обусловлен как прямым цитолитическим действием ВИЧ, так и опосредованными механизмами активации апоптоза в Т-хелперах. Возбудитель запускает процесс образования синцития, в который входят клетки организма-хозяина, содержащие на своей поверхности CD4+-рецепторы, чем дезактивирует и истощает иммунный пул.
Помимо воздействия на иммунокомпетентные клетки ВИЧ обладает нейротропностью – белок вируса gp120 является токсичным для нейронов, возбудитель напрямую разрушает нервные клетки, сенсибилизированные лимфоциты и антитела действуют на ткань головного мозга. Снижение местного, гуморального и клеточного иммунитета приводит к активации персистирующихинфекционных агентов, которые в отсутствие адекватного ответа лимфоцитов, макрофагов и других иммунокомпетентных клеток активно размножаются и часто вызывают генерализацию инфекции.